Gekas inició su carrera profesional en el equipo de su ciudad natal, el AE Larisa, en la segunda división griega. Tres temporadas después, el verano de 2001, se incorporó a las filas delKallithea FC, donde logro el ascenso a primera división en su primera temporada.

Sus buenos registros goleadores despertaron el interés de los grandes clubes griegos y en el mercado de invierno de 2005 se concretó su pase al Panathinaikos FC. Ese mismo año se proclamó máximo goleador de la liga y debutó con la selección nacional griega.

La siguiente campaña, la 2005/06, volvió a destacar por su capacidad realizadora, siendo el segundo máximo goleador de la Alpha Ethniki. A principios de la temporada 2006/07, ante la negativa de Gekas de ampliar su contrato, el Panathinaikos FC fichó al delantero del PAOK Salónica FC Dimitris Salpigidis. Aunque Gekas debía entrar en esta operación, el jugador se negó a ser traspasado al PAOK. El Panathinaikos FC se vio obligado a dar salida al jugador en rebeldía y lo cedió al VfL Bochum alemán, club que previamente se había interesado en su fichaje.

En su debut en la 1. Bundesliga se destapó como uno de los jugadores revelación del campeonato. Aunque su club, el Bochum, peleaba por la permanencia, Gekas se proclamó máximo goleador de la liga tras anotar 18 goles. El futbolista heleno se convirtió en uno de los jugadores más codiciados y en abril de 2007, dos meses antes de terminar la temporada, el Bayer Leverkusen anunció su contratación.

En febrero de 2009 marchó cedido al Portsmouth FC de la Premier League hasta final de temporada. A finales del 2009, fue solicitado a préstamo por el Hertha BSC Berlin, para salvarse del descenso a la Segunda División Alemana.